Четверо братьев-черепах, долгое время скрывавшиеся в канализации Нью-Йорка, решают выйти на поверхность, чтобы быть принятыми как обычные подростки. Их новая подруга Эйприл О'Нил помогает им в борьбе с преступным синдикатом и армией мутантов. В процессе они сталкиваются с различными трудностями, которые требуют от них проявления навыков ниндзюцу и командной работы. Сюжет сочетает элементы анимации, комедии и экшена, что делает его интересным для широкой аудитории.