Четыре черепашки и крыса живут в канализации Нью-Йорка. Они мутировали после контакта с радиационными отходами. Крыса, обученная японским мастером ниндзя-цу, тренирует черепашек в боевых искусствах. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло сражаются с преступностью. Они дружат с тележурналисткой и противостоят Шреддеру и Клану Ног.