Эйприл покупает старинный японский скипетр для Сплинтера. Этот скипетр оказывается машиной времени. Он переносит Эйприл в Японию 1603 года. Черепашки-ниндзя следуют за ней, но попадают на поле сражения. Микеланджело теряет скипетр. Черепашкам нужно спасти Эйприл и вернуть скипетр. В их времени тоже происходят события.