Группа черепашек-ниндзя снова в деле. Они сражаются с суперзлодеем Шреддером, который сбежал из тюрьмы. Шреддер объединяется с безумным ученым Бакстером Стокманом и его помощниками Бибопом и Рокстеди. Их план — захватить мир. Черепашки готовятся к битве, но сталкиваются с ещё большей угрозой — Крангом, известным злодеем с похожими намерениями.